PENGARUH SUHU ANNEALING TERHADAP AMPLIFIKASI GEN tem MENGGUNAKAN PRIMER DENGAN %GC RENDAH

Abstract

Kasus resistensi antibiotik terhadap bakteri telah banyak terjadi, dimana hal yang menyebabkan resistensi tersebut karena bakteri mengalami penyesuaian agar tetap hidup jika diberikan antibiotik. Terjadinya mutasi pada asam amino tertentu menjadi salah satu penyebab utamanya, contohnya terdapatnya gen tem, yang merupakan jenis ESBL kelas A dimana terjadi mutasi pada grup asam amino tertentu. Analisis secara molekuler semakin membantu dengan menggunakan metode PCR, yang menghasilkan jutaan salinan DNA. Keberhasilan PCR dipengaruhi oleh suhu annealing yang optimal dalam proses penempelan primer, sehingga penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh suhu annealing terhadap keberhasilan amplifikasi gen tem menggunakan primer dengan %GC rendah dan jumlah basa sedikit. Metode yang digunakan dalam pengujian in vitro berbasis molekuler dengan menggunakan ekstraksi DNA Kit, PCR dan elektroforesis. Primer yang digunakan merupakan primer spesifik terhadap gen tem yaitu primer forward 5AAAATTCTTGAAGACG3 dan reverse 5TTACCAATGCTTAATCA3. Berdasarkan hasil penelitian menunjukkan bahwa suhu annealing mempengaruhi keberhasilan amplifikasi DNA, dimana pada suhu annealing 50oC terjadinya amplifikasi dengan panjang basa yang tepat. Pengaruh tersebut ditunjukkan dari hasil elektroforesis berupa pita DNA gen tem berwarna merah dengan ukuran 1073 bp, dan tidak terdapatnya smear.